始建东晋后期（帛尸梨蜜多罗咸康中卒，寺建于其后，谢混卒于 412 年前）
「密常在石子岡東行頭陀，既卒，因葬于此。成帝懷其風，為樹剎塚所。後有關右沙門來遊京師，迺於塚處起寺。陳郡謝琨贊成其業，追旌往事，仍曰高座寺也。」密常在石子冈东行头陀，去世以后，就葬在这里。成帝怀念他的风范，在墓地为他树立刹柱。后来有关右的沙门来游京师，就在墓地建起寺。陈郡谢琨赞助促成这件事业，追念表彰往事，于是叫作高座寺。A 《高僧传》卷一《帛尸梨蜜传》
创建关右沙门起寺，谢混赞助
「後有關右沙門來遊京師，迺於塚處起寺。陳郡謝琨贊成其業。」后来有关右的沙门来游京师，就在墓地建起寺。陈郡谢琨赞助促成这件事业。A 《高僧传》卷一
今遗迹
本末西域僧人帛尸梨蜜多罗在建康传法，时人称他“高座道人”。咸康中去世，葬在石子冈，晋成帝在墓上立刹；后来有关右僧人在墓处建寺，谢混赞成其事，寺因此名为高座。雨花台的得名来自云光法师讲经天花如雨的传说，但《建康实录》把云光系于法云寺，把它归到高座寺始见元代《至正金陵新志》。明代分为高座、永宁二寺，咸丰兵火后荡为丘墟。
335—342帛尸梨蜜咸康中卒，葬石子冈，成帝树刹A 《高僧传》卷一
东晋后期关右沙门于冢处起寺，谢混赞成A 《高僧传》卷一
梁云光讲经天花（传说）D 《至正金陵新志》
明分为高座、永宁二寺C 《南朝佛寺志》卷上
1850 年代咸丰兵火荡为丘墟C 《南朝佛寺志》卷上
存疑“晋成帝建寺”“咸康年间建寺”都是把立刹误作建寺。