始建东晋前期已存在，简文帝时（371—372）造三层塔；前身东吴建初寺（247）
「權大歎服，即為建塔，以始有佛寺，故號「建初寺」，因名其地為「佛陀里」。」权大为叹服，就为他建塔，因为最初有了佛寺，所以称作“建初寺”，于是把那地方命名为“佛陀里”。A 《高僧传》卷一《康僧会传》、卷十三《慧达传》
创建建初寺：孙权为康僧会建；长干寺创建者不详
「先是簡文皇帝於長干寺造三層塔……晉太元十六年，孝武更加為三層。」在此之前简文皇帝在长干寺造三层塔……晋太元十六年，孝武帝又加成三层。A 《高僧传》
今遗址博物馆
本末孙权为康僧会建的建初寺，被后人称为江南第一座佛寺。东晋简文帝在长干寺造三层塔，宁康年间僧慧达在塔下掘得舍利，“于旧塔之西更竖一刹”，孝武帝又加为三层。梁武帝大同三年改造寺塔，分为二刹，亲幸阿育王寺。北宋大中祥符四年（1011）在此建塔瘗藏佛顶骨舍利。明成祖永乐十年敕建大报恩寺，琉璃塔被西方旅行者列为世界奇观，咸丰年间毁于兵火。2008 年发掘北宋地宫，出土七宝阿育王塔。
247孙权为康僧会建塔立建初寺A 《高僧传》卷一
371—372简文帝于长干寺造三层塔A 《高僧传》卷十三
373—375慧达掘得舍利，旧塔西更立一刹A 《高僧传》卷十三
391孝武帝加为三层A 《高僧传》卷十三
537梁武帝改造寺塔，八月幸阿育王寺A 《梁书》卷三；《魏书·萧衍传》
1011北宋建长干寺真身塔及地宫B 地宫石函铭文
1412—1431永乐十年敕重建，宣德六年成，赐额大报恩寺C 《金陵梵刹志》
1856咸丰中毁于兵火C 《南朝佛寺志》
2008地宫出土七宝阿育王塔B 〔今人〕考古报道
2015遗址公园开放；佛顶骨舍利迎往牛首山B 〔今人〕新闻报道
存疑建初寺与长干寺在六朝文献中并列，是否同址学界意见不一。